2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱担任空间站的军事长官。他和指挥人员得知，圣地亚哥总统之死实际上是由副总统克拉克（圣地亚哥死后继任总统）策划的暗杀。巴比伦五号指挥人员与灵能军团之间爆发了冲突。灵能军团是一个日益专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。空间站的副指挥官伊万诺娃指挥官其实是一名潜在的心灵感应者，但她一直非法逃避在灵能军团的登记。